蛋白组学分析网站设计

简述信息一览：

• 1、pfam:蛋白结构域预测
• 2、蛋白组学数据库知多少?必看

pfam:蛋白结构域预测

1、网址：Pfam现由InterPro托管 InterPro：InterPro Pfam数据库汇聚了众多蛋白质家族，每个家族都由多个序列比对和隐马尔可夫模型（HMMs）构成，用户可通过hmmsearch软件进行比对搜索。InterPro网站提供在线预测功能 interproscan基因注释软件支持多个数据库的注释，其中包括Pfam数据库的注释进行在线分析。

2、做基因功能的人都会特别注意基因上有什么功能结构域，通常我们认为，结构域决定了这个基因的功能。

3、看看pfam， prints等二级结构数据库进行分析根据资料显示ccd预测蛋白质结构域要看pfam， prints等二级结构数据库进行分析蛋白质是组成人体一切细胞、组织的重要成分。机体所有重要的组成部分都需要有蛋白质的参与。一般说，蛋白质约占人体全部质量的18%，最重要的还是其与生命现象有关。

4、SMART进行时，可以直接用各个数据库蛋白的ID。如Uniprot/Ensembl ID / accession number （ACC）。或是直接蛋白序列。运行SMART也可选择signal peptides、PFAM domains等的预测，勾上就是。SMART结果，运行后的结果用图表表示。其实运行后的结果都有明确的解释。因为都是详细的说明。

5、HMMs的）。蛋白质中，一般由一个或多个功能区构成，这些区通常被称为域。结构域的不同组合方式产生的蛋白质在自然界中各种不同。因此蛋白结构域的鉴别对分析蛋白质的功能来说尤其重要。Pfam有两个组成部分：Pfam-A和Pfam-B。

蛋白组学数据库知多少?必看

蛋白组学数据库是为质谱图分析提供的理论蛋白质氨基酸序列***。常见的数据库类型有.fasta 格式，如在进行蛋白质组学数据分析时，你可能会接触到的，用于匹配和确认样本中的蛋白质身份。数据库的来源主要包括两个主流资源：Uniprot 和 NCBI。

国际著名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。

在蛋白质组学研究中，选择正确的蛋白质数据库如同经济基础决定上层建筑，对数据质量至关重要。人蛋白组研究中，常用的数据库如UniProt提供了三个子库：Swiss-Prot（高质量、人工注释）、Proteome（基因组测序物种）和总库Swiss-Prot+TrEMBL。

蛋白质组学研究中，蛋白质数据库的选择对数据质量有着决定性影响，正如马克思所述的“经济基础决定上层建筑”。数据库的选择包括人蛋白数据库，如UniProt提供的Swiss-Prot、Proteome和总库Swiss-Prot+TrEMBL，它们在蛋白质总数、准确性和注释程度上各有差异。

蛋白质共价修饰组学数据库是中国科学院信息化专项的成果，由中国科学技术大学生命科学学院主导，与华中科技大学、大连化物所及美国多伦多大学携手共创。该数据库的目标是通过整合文献、数据和计算预测，汇总已验证的实验数据，为相关研究提供一站式服务。数据库主要由MiCroKit和PhosSNP两个子库构成。

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